什么是火山图（Volcano Plot）？
火山图是生物信息学中用于差异表达基因（DEG）可视化的经典图表。它以log2 Fold Change（倍数变化）为X轴，以-log10(P-value)为Y轴，将每个基因表示为一个点。通过火山图，研究者可以直观地识别出显著上调和下调的基因。
火山图的名称来源于其形状——显著差异表达的基因点分布在图的两侧"火山口"上方，形似火山喷发。它是RNA-seq、微阵列等转录组数据分析中必不可少的可视化工具。
📌 火山图的核心要素
- X轴（log2FC）：基因表达量的对数倍数变化，正值表示上调，负值表示下调
- Y轴（-log10 P-value）：统计显著性的负对数转换，值越大越显著
- 上调基因（红色点）：log2FC超过阈值且P值显著的基因
- 下调基因（蓝色点）：log2FC低于负阈值且P值显著的基因
- 不显著基因（灰色点）：未达到差异标准的基因
什么时候使用火山图？
🔬 典型应用场景
- RNA-seq差异分析后：使用DESeq2、edgeR等工具完成差异分析后，火山图是展示结果的标配图表
- 微阵列数据分析：limma等工具输出的差异基因列表，通过火山图直观展示
- 药物处理vs对照组：展示药物处理后哪些基因发生了显著变化
- 疾病vs正常组织：识别疾病相关的差异表达基因
- 基因筛选：在众多候选基因中快速锁定显著差异的靶标基因
- 论文发表：火山图是转录组类SCI论文中最常见的图表之一
如何使用在线火山图工具
- 准备数据：准备包含Gene Symbol、log2FC、P-value三列的CSV/Excel文件
- 上传数据：拖拽或点击上传您的差异分析结果文件
- 设置阈值（可选）：调整log2FC阈值（默认1）和P值阈值（默认0.05）
- AI辅助：用自然语言描述需求，AI自动帮您配置参数
- 生成图表：点击运行，即时生成高质量火山图
- 导出使用：支持SVG、PDF、PNG等格式导出，满足发表需求
💡 AI提示示例："帮我把log2FC阈值设为1.5，P值阈值设为0.01，把上调基因标红，下调基因标蓝，在图上标注TOP10显著基因的基因名。"
常见问题
- 火山图的log2FC阈值一般设多少？
- 常用的log2FC阈值为1（即2倍变化）或1.5（约2.8倍变化）。阈值越小，检测到的差异基因越多，但假阳性可能增加。建议根据具体实验目的和数据质量选择。
- 火山图能标注基因名吗？
- 可以。BioInfo AI的在线火山图支持标注TOP N个显著基因的基因名称，您也可以通过自然语言指定要标注的特定基因。
- 支持哪些数据输入格式？
- 支持CSV、TSV、Excel（.xlsx/.xls）等常见格式。也可以粘贴剪贴板中的表格数据。
- 火山图可以自定义颜色吗？
- 完全支持。您可以自定义上调基因、下调基因和不显著基因的颜色，选择预设配色方案或自定义配色。
- 生成的火山图分辨率够发表用吗？
- 支持导出300 DPI以上的高清矢量图，满足Nature、Science、Cell等顶级期刊的投稿要求。